Од Осташкова, најближег града, манастир је удаљен око 25 километара добрим путем који вијуга кроз поља и шуме. Нило-Столобенски манастир основан је у XVI веку и налази се на Столобном, једном од бројних острва језера Селигер.
За пет векова постојања манастир је прошао пут од крајњег сиромаштва до процвата и посебне наклоности царске породице, затим пљачкања у совјетско доба и поновног оживљавања у савременом периоду. Данас је острво Столобни повезано са копном мостом, па чамац више није неопходан као некада. Ипак, по лепом времену на пристаништу дежурају капетани бродића спремни да уз накнаду повезу туристе у обилазак језера око манастира.
Посетиоци могу слободно да лутају манастирским имањем - да прошетају до најудаљеније цркве Воздвижења Крста, истраже помоћне зграде, посете место на којем се налазила пећина Светог Нила Столобенског, сврате на ручак у "Чајџиницу" или се попну на звоник. Поглед одозго на манастир и језеро заиста је задивљујући, а по ветровитом времену може чак и да „одува“ фотоапарат из руку. На улазу се налази споменик Светом Нилу, док се у цркви чува кивот са његовим моштима.
Преподобни Нил значајна је личност православног света. Његово име стоји уз имена Сергија Радоњешког, Амвросија Оптинског и Серафима Саровског. Према предању, у сну му је дато упутство да се упути на острво Столобни, где се у далекој прошлости налазило паганско светилиште. Пустињак се настанио на Селигеру и тамо проживео 27 година. После његове смрти, 1594. године, по указу патријарха основан је манастир.
За време Петра Великог манастир је постао место прогонства за оне који су сматрани непожељним. Даље, Октобарска револуција нагло је изменила његов живот. Већ 1919. године, у оквиру атеистичке кампање, мошти светитеља су отворене и потом пренете у завичајни музеј у Осташкову. Године 1947. за богослужење је отворен Вазнесењски сабор некадашњег Знаменског манастира, где је пренет и кивот са моштима. Тамо су остале до 1995. године, када су враћене у манастир.
У совјетском периоду манастир је доживео судбину већине руских светиња: 1928. године је затворен, а његове зграде коришћене су за различите намене. Након деценија пропадања, комплекс је 1990. године враћен Цркви и започета је обнова. Данас су трагови запуштености готово нестали, иако су поједини објекти, попут Цркве Свих светих, још у фази обнове, а од Храма Јована Претече остао је само темељ.
Манастир је поново живо ходочасничко место, са продавницом у којој се могу купити иконе и локални производи. Посетиоце на улазу дочекују тезге са сувенирима и димљеном рибом.