Након што се у медијима појавила вест да би Београд могао да прогласи окупацију Косова и Метохије због све агресивнијих акција Приштине против Срба, актуелизовао се став Српске православне цркве још из 2005. године.
На проглашење окупације на Косову и Метохији позвао је Свети архијерејски сабор још 2005. године. Било је то у тренутку када је Савет безбедности Уједињених нација предложио да отпочну разговори о утврђивању "коначног статуса" Косова и Метохије.
Свети архијерејски сабор Српске православне цркве, под вођством патријарха Павла, са свог ванредног заседања, упутио је поруку којом се тражи да се "узме у обзир интерес свих грађана" који живе на овом подручју, јер "хлеба, сунца, воде и љубави Божје на Косову и Метохији има за све нас".
Истовремено је упутио и захтев: "Уколико би се десило, не дај Боже, да било какво решење буде наметнуто, Сабор очекује да Скупштина Србије обзнани целом народу да је извршена нелегитимна и нелегална окупација једног дела наше националне територије."
Патријарх Павле обратио се јавности 4. новембра 2005. речима да се Свети архијерејски сабор Српске православне цркве неодступно моли Господу и узда се да се у овом одсудном часу, кад започињу разговори о статусу Косова и Метохије, најодговорније државе света и укупна међународна заједница неће огрешити о Божје и људске законе, ни оглушити о право и правду на којима почива међународни поредак.
"Само тако ће правда и истина надјачати самовољу и обесхрабрити насиље. Сабор напомиње да је у досадашњој људској историји било проклето све што је отето. Ни сада не би било друкчије", поручио је тада патријарх Павле.
А онда упозорио и напоменуо, готово пророчански: "На језику правде и међународног права свака помисао да се отме Косово и Метохија значила би да се пред очима целог света у 21. веку, једној демократској држави усред Европе, силом одузима део територије, која уз то важи и као њена духовна колевка. И, ма колико би то било прикривено, тај чин отимања имао би суштински карактер окупације. Сувишно је помињати какве би то последице могло имати не само за Србију и Црну Гору, него и за будућност Европе и света. Једино се договором може доћи до компромисног и правичног решења. Ми не тражимо ништа друго него да се питање Косова и Метохије реши на исти начин на који су и друге европске демократске државе решиле слична питања."
На крају патријарх Павле се још обратио својој духовној деци, верницима Српске православне цркве, с поруком: "Будите верни, храбри и јединствени! Чувајмо своју душу и савест! Тако ће бити сачувана и света, мученичка земља наших часних предака."
Здравље патријарха тада је већ било нарушено, па је од тада повремено био на лечењу у Војномедицинској академији. Није дочекао да Србија прогласи окупацију, а 2008. када је тзв. Косово прогласило независност, био је толико нарушеног здравља да се поднео молбу да се повуче из активне службе.
Свети архијерејски сабор није ту молбу прихватио, па је патријарх Павле остао на челу СПЦ све до новембра 2009. када је преминуо у сну.