Јакупа Краснићија, уз Хашима Тачија, Кадрија Весељија и Реџепа Сељимија, Тужилаштво Специјалног суда за злочине ОВК терети за злочине над стотинама цивила на Косову и Метохији – заједно са њима он је оптужен за злочине против човечности, конкретно прогон, затвор, мучење, убиство, присилни нестанак лица, друга нехумана дела, и ратне злочине (незаконито хапшење, окрутно поступање, мучење).
Човек који се терети за таква кривична дела пред међународним судом, својевремено, односно баш у време док је био активни припадник ОВК, се састајао са садашњим амбасадором Сједињених Америчких Држава у Србији Кристофером Хилом. Фотографију на којој су Краснићи у униформи са амблемом ОВК на руци, Хил, Волфганг Петрич, Сокољ Бошота и Рам Буља, снимљену 1. јануара 1999. у Драгобиљу код Ораховца, показало је тужилаштво на суђењу четворици лидера ОВК које је у току. Уз опаску да је Вашингтон чинио много да се у Приштини формира јединствена влада свих Албанаца и да је то форсирала државни секретар САД Мадлен Олбрајт.
За Краснићија се у оптужници подсећа да је био члан Главног штаба ОВК најкасније од првих месеци 1997, да је у јуну 1998. био члан Дирекције ОВК за политичка питања и њихов званични портпарол, а да је од септембра 2010. до априла 2011. био в.д. председника тзв. Косова.
Злочини за које се терете Краснићи и још тројица лидера ОВК догодили су се, како се то наводи у оптужници, од марта 1998. до септембра 1999. године, набројана су и места затварања и мучења на 15 локација на Косову и Метохији и две у Албанији, појединачна имена 102 жртве, појединачни злочини и убиства над цивилима, заробљеницима, неистомишљеницима.
Тачи, Весељи, Сељими и Краснићи су, према наводима оптужнице имали заједнички циљ да остваре и спроведу контролу над целим "Косовом", између осталог, "вршењем насиља над онима које су сматрали својим противницима и њиховим противправним застрашивањем, злостављањем или уклањањем". Међу тим противницима су била лица за која су сматрали или су знали да сарађују или имају везе са званичницима или државним институцијама СР Југославије, као и да нису подржавала циљеве или методе ОВК или касније Привремене владе Косова, пише у оптужници.
Како се између осталог, наводи, почевши од 1994. и током читавог инкриминисаног периода, Главни штаб ОВК је у разним саопштењима за јавност подржавао, подстицао, оправдавао као легитимне и предузимао одговорност за нападе на противнике и њихово убијање, а такође експлицитно претио другим противницима истом судбином.
"Хашим Тачи, Кадри Весељи, Реџеп Сељими и Јакуп Краснићи су лично учествовали у поступцима предузиманим против противника на терену путем учествовања у застрашивању, саслушавању, злостављању и затварању противника".
У оптужници је наведено и да су Тачи, Весељи, Сељими и Краснићи заузимали највише положаје у ОВК или Привременој влади, да су имали ефективну контролу над организацијом, али и онима који су директно вршили кривична дела која су наведена у оптужници.
За Краснићија се наводи да је током 1999. са Кадријем Весељијем и Реџепом Сељимијем био умешан у разне аспекте пребацивања, затварања или пуштања затвореника који су били затворени у једном објекту близу Клечке. Од новембра 1998. до јуна 1999. најмање 20 лица било је затворено у једној кући и околним објектима у близини Клечке, а како се додаје, затвореници су држани везани, с повезима преко очију и под оружаном стражом.
Такође, за портпарола ОВК наведено је и да је идентификован као лице које је било присутно у бившој полицијској станици у Малишеву. Тачније, описујући како су у јулу 1998. припадници ОВК напали Ораховац и околна села и том приликом заробили српске цивиле, додаје се да су они нешто касније пребачени у Малишево где је био и Краснићи.
Према ономе што се може прочитати у оптужници, у бившој полицијској станици у Малишеву држани су и убијани заточеници – од 16. до 26. или 27. јула 1998. године овде је било заточено најмање 48 људи. Од свих места затварања која су набројана у овој оптужници једино је за Лапаштицу у Подујеву процењено да је имала више заточеника (најмање 52), али се радило и о много дужем временском периоду, од новембра 1998. до марта 1999.
У оптужници је наведено и 12 имена познатих жртава које су убијене у Малишеву.
"Заточеници у бившој полицијској станици у Малишеву држани су у претрпаним просторијама, са слабом вентилацијом, обезбеђивана им је неадекватна храна, вода, медицинска нега и постељина. Идентификовано је да је Јакуп Краснићи био присутан у бившој полицијској станици и да је једном приликом посетио просторију у којој су били заточеници. Више припадника ОВК рутински је подвргавало заточенике тешким премлаћивањима и психичком злостављању", наводи се у оптужници.
Наводи се и да су 19. јула 1998. припадници ОВК извели из ћелија у Малишеву групу од тринаесторо људи, одвезли их недалеко одатле и стрељали, а да је један из те групе успео да побегне. Тела 12 жртава ексхумирана су из масовне гробнице у Малишеву 2005. године и њихова имена део су оптужнице.
Затвор у Малишеву је испражњен 26. или 27. јула 1998. године, део затвореника тада је убијен, наводи се у оптужници, али за део оних који су били затворени овде, упркос апелима породица, никада се није сазнало где почивају нити како су скончали.