Пупин је преминуо на данашњи дан 1935, умро је истог мартовског дана када је из Немачке кренуо у "Обећану земљу". Круг се тако затворио, а његов последњи интервју дат неколико дана пре смрти, објављен је само 48 сати касније у "Њујорк тајмсу".
У интервјуу Пупин говори о животу после смрти и изражава веру у божански план: "Наука нам даје много основа за разумну наду да је наш физички живот само мена у постојању наше душе. Закон континуитета и општи научни поглед на Универзум нагињу ка јачању нашег уверења да душа наставља да постоји и после смрти".
Пупин се у Америци обрео, готово "случајно", после неуспешног школовања у Прагу. Гризла га је савест због стипендије коју је добио од црквене општине Панчево, а резултата није било jeр није учио. Ходајући улицама Прага на једном киоску, приметио је часопис са рекламом за јефтин превоз паробродом, трећом класом, на релацији Хамбург–Њујорк.
Тада је донео одлуку која ће заувек променити његов живот. Продао је све што је имао: шубару, кожух, топлу зимску одећу, сат и књиге, па купио најјефтинију могућу карту. Написао је мајци писмо у којем је обавештава о одласку за Америку, па се 12. марта 1874. укрцао на брод "Вестфалија" на северу Немачке који ће га довести до Новог света.
Њујорк је већ био погођен великом економском кризом – улицама је лутало на хиљаде незапослених. Али, млади Идворац био је спреман да прихвати тешке физичке послове како би преживео. Чистио је подруме и снег испред кућа, утоварао угаљ за пола долара по тони, фарбао бродове у луци, лепио тапете… а сваки слободан тренутак користио је за одлазак у библиотеку и читање књига. У Њујорку је функционисала социјална помоћ, а сиромашнима је дељена бесплатна чорба од пасуља и црни хлеб. Пупин је повремено био принуђен да користи ову помоћ.
И тако, једног септембарског дана (1879.) као двадесет петогодишњи младић, дошао је на пријемни испит на Колумбија колеџу. Неколико дана касније добио је обавештење из секретаријата: "Примљени сте на наш колеџ". Не само да је примљен, већ је његово школовање било бесплатно. Добио је стипендију.
Касније је добио стипендију која му је омогућила даље усавршавање на Универзитету Кембриџ где похађа курс математике, 3 семестра. Потом добија нову стипендију у вредности око 650 долара годишње за докторске студије у Берлину. Враћа се у Америку и постаје професор на Колумбији. Све остало је историја.
Међутим, у Берлину му се десила још једна важна ствар. Пред завршетак студија Пупин се заљубио у Катарину Сару Џексон, сестру свог америчког колеге која је са мајком и сестром боравила у Европи. Љубав је била обострана, па се млади пар венчао у грчкој православној цркви у Лондону, крајем октобра 1888, исте године када су се и упознали. Пупин и Катарина били су у браку сâмо осам година јер је она изненада преминула. У том браку добили су ћерку Варвару.
Поједини истраживачи тврде да су се после четворомесечног рада са Икс-зрацима, без заштитне одеће, Пупин и његова супруга која је пратила експерименте и водила белешке током истраживања, тешко разболели. Пупин је открио секундарно зрачење, побољшао квалитет рендгенске слике и вишеструко смањио време снимања пацијената. Тај метод је нашао широку примену и још увек се употребљава. Катарина Сара је убрзо преминула, а Пупин је једва преживео. Он се опорављао у викендици у Норфолку код доктора са којим је сарађивао током експеримената, ту се залечио захваљујући свежем планинском ваздуху и дугим шетњама; а када се обогатио изумом за повећање домета телефонских веза и омогућио комуникацију људи на великим даљинама, купује имање у Норфолку.
Други истраживачи тврде да се те године у Њујорку појавио нови вирус. Михајло Пупин се разболео од вирусне упале плућа, а претходно су се разболели и његова ћерка Варвара, као и Сарина деца из првог брака; супруга се разболела кад и он. Катарина Сара, иако је имала помоћ медицинских сестара, све време је бдела поред деце и мужа, док и њу једног јутра нису пронашли онесвешћену и исцрпљену од болести која ју је опхрвала. Умрла је у суботу, 25. априла 1896. У тренутку њене смрти, Пупин је још увек био веома слаб и болестан.
Пупин је уложио доста новца за изградњу куће на свом имању. У раскошну кућу у Норфолку свраћале су, поред професора са Колумбије, амерички индустријалац Ендру Карнеги, Едисон, Рендген, српски зет Алберт Ајнштајн, Марк Твен, Џорџ Вестингхаус и његов брат, Пупинов секретар Јован Кајгановић, као и млади епископ жички Николај Велимировић и сликар Паја Јовановић.
Поред бриге о Варвари, он је водио рачуна и о својој усвојеној деци које је Катарина добила у претходном браку. Пупин јој је био други муж. Усвојени син био је Фредерик Агате (Frederick J Agate), (1880 – 1951), а ћерка Мери Вирџин Агате (Mary Virginia Agatе), (1882 – 1950). После смрти супруге, он је водио рачуна о њима, припремао их за живот, бринуо о њиховом школовању, женидби и удаји.
Његов дворац у Норфолку био је познат као домаћинска кућа где су емигранти из Старог Завичаја могли да нађу први посао. На имању су радили бројни Срби, узгајали су поврће и воће и бринули о животињама. Ово имање, он је често звао "мој амерички Идвор", а последњи живи сведок Пупунове несебичне доброте била је Мери Бакалић, која је говорила о њему када је постављена Пупинова биста (21. маја 2004.) на Колумбија колеџу. Причала је како је Пупин запослио њеног оца који је остао удовац са шесторо мале деце.
"Да није било Пупина, не знам шта бисмо радили, у ком правцу би ишао наш живот, били смо скоро бескућници…", говорила је Мери.
Она је као млада девојка живела у Норфолку и помагала му у домаћинству. Касније је Мери Бакалић радила као Пупинова неговатељица.
Треба напоменути и да се Пупин неколико година након смрти супруге Катарине Саре, зближио и упловио у емотивну везу са Хелен Хартли Џенкинс. Они су остали заједно све до њене смрти – она је умрла годину дана пре њега. Хелен је била једна од најбогатијих Американки 20. века, отац јој је био магнат – власник фабрике оружја "Ремингтон". Када су се упознали, она је већ била удовица.
Пупинова вечна кућа налази се на гробљу Вудлон, у Бронксу. Ту је сахрањена и његова супруга Катарина Сара, као и ћерка Варвара.