Током НАТО бомбардовања 20. маја 1999. године, у 00:50, погођен је Клинички болнички центар "Др Драгиша Мишовић", када је погинуло седам гардиста, три пацијента и чувар. Уништена је зграда неурологије, а оштећене су зграде Дечје и Гинеколошко-акушерске клинике, као и просторије правне службе ове здравствене установе и рачуноводство. Живот су изгубили неуролошки пацијенти који су били непокретни, Бранка Бошковић, Зора Бркић и Радосав Новаковић.
У тој ноћи, пишу "Новости", болничка ознака нападачима није значила ништа, као што ни свих ових година није било ни кајања, ни покајања за жртве. И колевке су биле мета, јер је страдало и породилиште.
Кревети поломљени, прозори попуцали, врата изваљена, рањени и уплашени пацијенти јаучу и дозивају у помоћ. Бомбе су расклимале темељ управне зграде, а један пројектил је пао на војни камион у коме су дежурали гардисти. Најстарији је имао 26, а најмлађи 20 година.
У првом реаговању после напада на КБЦ "Драгиша Мишовић" НАТО је објавио да је реч о "инциденту који ће бити истражен". Касније је саопштио да је "бомбардовање болнице била техничка грешка", а да је страдање војника "колатерална штета".
Лекари и медицинске сестре ове болнице стално су били уз пацијенте, а хирург др Драган Радовановић је рекао за "Политику" да је било тешко радити у овој установи током НАТО агресије и да су лекари радили по специјалном режиму, односно да је у почетку пола екипе медицинара радило једног дана, а друга половина, другог дана.
"Када се десило бомбардовање нашег центра, ја сам био у другој групи, која тог дана није радила, али су, чим је дошло до првих погодака пројектила у нашој болници, првих ракета, позвали да учествујемо у ономе што се дешавало. То је био застрашујући моменат, јер се сећам када сам долазио у болницу и улазио колима ка установи – још се није слегла прашина од ударца последњег пројектила. Та прашина је долетела уз нашег круга такозване Железничке болнице у круг А, тј. у други део наше болнице. Заиста је била застрашујућа слика која остаје у сећању. Део је био у пламену, испред болнице такође је био пламен. То је једна слика која је заиста била драстична и упечатљива", истакао је др Радовановић.
Након бомбардовања одређених делова болнице уследило је пребацивање пацијената у друге делове ове здравствене куће. Професор Радовановић истиче да су по пребацивању последњег пацијента добили информацију да ће уследити ново бомбардовање и да можда постоји могућност да и "наша зграда буде погођена", тако да су онда морали и из те зграде да евакуишу болеснике према објекту Болнице за ОРЛ, које су биле у доњем делу круга у коме је смештен КБЦ "Др Драгиша Мишовић".
"Наша зграда није бомбардована, али смо смо болеснике морали да збрињавамо по посебном режиму због потенцијалне опасности. Нормално смо радили и примали пацијенте, али је цела та атмосфера током бомбардовања и ваздушне опасности, "гађање" великог броја објеката око наше установе, јер су војни објекти налазили око нас, такође је имало одраз и на наш рад", рекао је др Радовановић.
Он је истакао да су лекари нормално радили свој посао, ургентну хирургију, односно да су збрињавали хитна стања.
"Када уђете у салу и када радите свој посао, некако не размишљате о свему томе, битни су пацијенти, а на крају крајева и навикли смо се на те ваздушне опасности, сирене, јер је једноставно све то трајало дуго", нагласио је др Радовановић.